Il patrimonio faunistico del Museo di Zoologia, inizialmente costituito dalle collezioni dell’Accademia Gioenia di Catania, dalla collezione malacologica Aradas e da svariati esemplari raccolti dai vari zoologi del museo, si è arricchito successivamente di importanti collezioni di grande valore storico e scientifico. Particolarmente interessanti la collezione di oltre 160 uccelli donata nel 1911 dal Circolo dei Cacciatori della provincia di Catania; la collezione del Barone Franco Auteri, costituita da un migliaio di uccelli prevalentemente esotici, donata nel 1923 dalla Nobildonna Angelina Paternò Castello di Biscari; un cranio di capodoglio risalente al 1912; un giovane elefante donato negli anni Trenta dall’imperatore di Abissinia. A partire dalla fine degli anni Ottanta il museo ha acquisito diversi esemplari di mammiferi extraeuropei, anche di grande mole, oltre che di invertebrati marini e terrestri. Di particolare interesse sono le collezioni ornitologiche Baglieri e Baglieri-Benanti che comprendono oltre 500 esemplari siciliani, e le grandi collezioni entomologiche Briganti (circa 30.000 coleotteri) e Ragusa (circa 5.800 lepidotteri e oltre 25.000 coleotteri). Nel corso degli anni, inoltre, sono state raccolte varie collezioni di invertebrati, pesci, anfibi e rettili, utilizzate anche per fini scientifici e didattici da docenti, ricercatori e studenti, che costituiscono l’utenza principale della struttura.